呼吸治療专业最早于1950年代在美国兴起，1970年代以後，由于空气的污染、人造物的增加、环境及生态的破坏，使得全世界呼吸道疾病的罹病率持續增加且病情转趋严重，住院率和死亡率也随着增高，台湾地区也不例外，故呼吸治療专业服务的需求也快速增加。早期，国内呼吸治療专业人员由各医學中心的其他类医事人经训练後转任，自1989年4月1日中華民国呼吸照护學会成立以後，于1994年起获得行政院卫生署的经费补助，由该學会主办，各大医院协办，举行为期六个月的储训班，成为培育呼吸治療专业人员的唯一管道。有鑑于呼吸治療专业化的趋势，本校在胡俊弘前校长的支持與小儿呼吸照护权威美国哥伦比亚大學翁仁田教授的协助下，林建煌及李宏模教授会同中華民国呼吸治療學会理事长朱家成呼吸治療师积极筹划，经教育部通过，于2001年8月成立二年制呼吸治療在职进修班，由林建煌教授担任第一届系主任，成为继长庚大學之後第二所成立呼吸治療在职进修班的大學；并與马偕、台大、榮总、万芳、三总等医院建教合作，进行临床实習。
然而，两年的专业训练并不足以培育呼吸治療专业人才，立法院于2001年12月21日三读通过呼吸治療师法，并由总统于2002年元月16日公布，规定须领有呼吸治療专业相关科系的毕业证書者才有资格参加国家呼吸治療师的专技高考，也才能执业。为了提升病患呼吸照护的品质，呼吸治療师势必走向专业正规教育体系，在此愿景下，台北医學大學肩負全国民眾对医療品质提升的期待，于2003年设立全国第一所大學部呼吸治療學系以来，在历任主任的带领下，使本學系走向更高品质及专业化的境地。期望未来充实更优秀的师资阵容，延攬各界优秀的呼吸治療师及愿意投身于研究工作的专业人才，培养兼具医療专业及人文素养的呼吸治療专才，本系全体教师生更了解自所肩負的重责大任，以担任呼吸治療的神圣工作，更期盼各界能给予肯定及支持，我们将踏稳每一个腳步继續往前迈进。
